中国科学院系统控制重点实验室于1994年底经中国科学院批准正式成立。其前身是1962年3月成立于中国科学院数学研究所的控制理论研究室，是我国首个从事现代控制理论及其应用研究的单位。首任正、副室主任分别为著名科学家关肇直和宋健。实验室的宗旨是组织一支高水平的研究队伍，充分发挥多学科交叉与综合的优势，面向系统科学发展国际前沿，紧密结合国家需求，针对系统控制科学中基本问题进行原创性和前瞻性研究，针对国家战略需求中的关键系统控制问题进行探索性应用研究，力争做出一系列国际领先水平的根本性创新成果，为系统控制科学的发展做出实质性贡献，为提升我国系统控制的国际影响和地位做出重要贡献。同时，广泛开展国内外学术交流和合作，着力培养年轻的学科带头人，为我国科学事业的发展和现代化建设做出应有的贡献。

五十多年来，实验室无论在控制理论基础研究还是在国防和工程、经济等应用研究都取得了瞩目的成就，为推动我国现代控制理论及应用研究的发展做出了重要贡献，成为国际知名的系统与控制研究中心之一。实验室先后获得国家自然科学奖8项（包括与外单位合作），国家科技进步奖1项，国家科技进步特等奖1项，以及30余项院、部级奖。

实验室现有固定成员31人，其中包括中国科学院院士2人、第三世界科学院院士2人、瑞典皇家工程科学院外籍院士1人、国际自动控制联合会会士(IFAC Fellow) 3人、IEEE Fellow 5人、国家杰出青年基金获得者7人，国际著名学术期刊编委60余人次，国内学术期刊主编、副主编、编委30余人次，先后多人在国内外重要学术团体中任职。

目前主要研究方向包括:

实验室与国内外学术界保持着广泛而又密切的联系，平均每年有30多人次出境参加国际会议或进行合作研究，同时有40多位境内外专家来实验室进行学术交流。自2009年以来，实验室主办和参与组织了20多次国内外重要学术会议，例如，连续5届中国控制会议，其参会人数逐年上升，2013会议共收到了包括中国大陆在内的28个国家和地区的投稿2809篇，录用论文1625篇，在海内外系统控制领域产生了重要影响；2012年实验室主办了“第十届智能控制与自动化世界大会（The 10th World Congress on Intelligent Control and Automation）”，这是智能控制与自动化领域的一次国际盛会，共有来自24个国家和地区的700余名专家学者出席。实验室还通过组织“中瑞控制会议”、“自抗扰控制研讨会” 多个高层次的系列会议，成为中国系统控制学者与国际该领域学术界沟通、交流的一个学术中心，对提升我国控制界在国际上的学术地位和影响力、推动中国控制理论及其应用发展方面做出了重要贡献。